La Junta Directiva de la Facultad Teológica Cristiana Reformada (FTCR) constituye el órgano supremo de gobierno y autoridad institucional. Este cuerpo colegiado se convoca, como mínimo, una vez al año en sesión ordinaria, pudiendo asimismo reunirse en sesiones extraordinarias cuantas veces lo requieran circunstancias excepcionales que así lo justifiquen.

La composición de la Junta Directiva refleja la diversidad del conglomerado evangélico en España, integrando representantes de distintas denominaciones, ministerios y ámbitos profesionales, lo cual garantiza una perspectiva plural y una adecuada representación del contexto eclesial y académico en el que se enmarca la institución.